Der NABU wurde 1899 in Stuttgart von Lina Hähnle als "Bund für Vogelschutz" (BfV) gegründet. In den Jahren 1938 bis 1945 als "Reichsbund für Vogelschutz" gleichgeschaltet, erfolgte ab 1946 der Wiederaufbau als BfV. 1965 hat sich der Verband in "Deutscher Bund für Vogelschutz" (DBV) umbenannt und in Landesverbände untergliedert. Im Jahr 1990 fand dann der Zusammenschluss mit den in der ehemaligen DDR neu gegründeten Landesverbänden zum Naturschutzbund Deutschland (NABU) statt.
Heute setzen sich fast 700.000 NABU-Mitglieder und -Förderer für die Natur ein. Sie sind in rund 1.500 lokalen Kreisverbänden und Gruppen in ganz Deutschland organisiert und vornehmlich ehrenamtlich tätig. In den Landesverbänden und auf Bundesebene leisten hauptamtlich besetzte Geschäftsstellen Naturschutzarbeit. Spitzenorgan des NABU ist die Bundesvertreterversammlung, die aus Delegierten aus den Landesverbänden besteht und die von den Vorständen der Ortsgruppen gewählt sind. Sie beschließen den Haushalt, entscheiden über inhaltliche Weichenstellungen und wählen das Präsidium . Verbandsparlamente gibt es genauso auf Landesebene und in den Kreisverbänden, während in den Ortsgruppen Vollversammlungen der Mitglieder tagen.
Die Jugendorganisation des NABU, die Naturschutzjugend (NAJU), engagiert sich in rund 1.500 Kinder- und Jugendgruppen im Natur- und Umweltschutz. Sie ist mit rund 72.000 Mitgliedern bundesweit die größte im Naturschutz tätige Jugendorganisation.